藏药的使用和藏医的理论体系是紧密结合的。藏医将“龙”、“赤巴”、“培根”三因素所引起的疾病都归结为“寒症”、 “热症”两大类型，藏药方剂亦按其性质将药区分为“热性”、 “寒性”两大性能。藏医在治疗“寒症”时用“热性”药，治疗“热症”时用“寒性”药。
藏药按性、味、效分类，按八性、六味、十七效来分细类。八性将藏药分为轻、重、润、糙、锐、钝、凉、热八种性质；六味将藏药分为甘、酸、苦、辛、咸、涩六种味道。他们认为，甘可滋补，酸助消化，苦可降火利胆，辛能除湿去寒流，咸能温胃去虚，涩可调合诸味；十七效将藏药归纳出柔、重、温、润、稳、寒、钝、凉、软、稀、干、干枯、热、轻、锐、糙、动等十七种效能。如“龙”病中有一种病的性质属“轻”，表现为心神不定，神情恍惚，藏医则采用“重”效能的药物去治疗。余此类推。
藏药治病多采用数药合成，很少使有单方。许多药方配药都在25种以上，有的甚至高达七八十种、一百多种。如”骂奴稀汤”多达130味”，然纳桑培”配方多达70味。每个方剂的名称大都是主药加方药总味数合成。如“然纳桑培”中“然纳”是珍珠，“桑培”是70，译成汉语即”珍珠七十”。
藏药在使用上大都有副品或代替品。为了解决珍贵药源不足的问题，藏药除本名正药外，特规定了与此药性质、类别相同、相近的副品或代用品。正品用”却”注明，代替品用“慢恩巴”注明。
藏医用药讲究调伏增效、适当配制，即各类药物适配对治。根对治骨骼病，枝对治脉络病，茎对治肌肉病，叶对治六腑病，叶液对治骨髓病，芽对治骨血精液病，花对治眼病，果实对治内脏病，尖对治头部病，外皮即树干下部之皮对治皮肤病，韧皮治筋病，树脂对治四肢病。只有这样，才能充分发挥药物的性、味、效，才能更好地治疗疾病。
藏医非常重视藏药的加工与炮制。《协据》记载，藏药的采集加工应做到“适地采集，适时采集，干燥拣选，分清陈旧，炮制去毒，调伏增效，适当配制”等工序。药物分别生长在雪山、高山、凉爽、温暖、具有日月光华之力的地方，要采集色鲜味艳、没有被虫蛀咬，没有被火烧焦，没有被大自然损伤，没有被阳光、阴影、水所害，适时稳固生长，根大而深，向阳生长的药物。关于采集时节，藏医认为，花蕾、茎枝在旺盛时采，根、种子在秋季挖，叶子在夏季采，花在初夏采，果实在秋天收，树皮在冬春秋采集，树脂在春秋采集。采集后的药物通过炮制，不但能消除或降低毒性，而且可适当改变某些药物的性能，借以提高药物的疗效。 主要炮制的方法有三种：火制法、水制法和水火合制法。藏医治病的剂型主要有散剂、水丸剂和汤剂、膏剂、脂剂五种。他们把制好的药物按病人症状分别配制成散剂、丸剂、膏剂、脂剂，让病人服用，非常方便。