脉诊是医生用手指切按患者桡动脉浅表探查脉象，以了解肌体气血盛衰的变化，判断病邪对脏腑的影响情况的一种特殊诊断方法。这种诊断方法在藏医和中医的诊断学中均占有重要地位。因历史和地理条件的关系，藏医脉诊与中医脉诊有明显的相似和相近之处，但也有一定的差异，下面试从几个方面谈谈两种不同医疗体系脉诊的不同之处，供同行探讨评论。
１、诊脉部位的差异
诊脉部位是切脉的基础与根本。中、藏医诊脉部位呈现以下差异：
（１）中医诊脉的部位：现临床运用“寸口诊法”，即按病人桡动脉的腕后浅表部分。寸口脉分寸部、关部、尺部三部分。正对腕后高骨（桡骨茎突）为关部，关之前为寸部，关之后为尺部。关于切脉独取寸口的道理，中医认为肺朝百脉，脉会太渊，太渊部位正当寸口，五脏六腑之气皆会聚于此，故全身脏腑气血的情况都可以从寸口反映出来。
（２）藏医诊脉的部位：腕后第一横纹一寸处，即从桡骨茎突下第一皮肤横纹一寸处顺取寸脉、甘脉、恰脉，比中医略偏向肘窝内。藏医认为人体虽有众多动脉可供候诊，但与脏腑太近如流水哗哗，太远如远客捎话，难探真实情况，而腕后第一横纹一寸处与脏腑的距离适当，可以了解实际病情，故而选此。
２、寸关尺与寸甘恰命名的差异
中医的寸、关、尺与藏医的寸、甘、恰从音节上看非常相近，但在意义上截然不同：中医的寸、关、尺指患者的脉，而藏医的寸、甘、恰指医生的手指，寸脉为食指，甘脉中指，恰脉无名指，均以指肚接触脉体分别按诊。
到目前为止，许多人士（包括藏医人士）认为藏医中的寸、甘、恰是中医寸、关、尺的译音。但近年来对西藏阿里地区的科学考查，发现藏医中的寸、甘、恰是三千年前阿里地区的一种土语，寸、甘、恰分别指食指、中指、无名指，与藏医中医生诊脉时所用的三指完全一致。因此，藏医中的寸、甘、恰并非是中医寸、关、尺的译音，很可能是两种不同医疗体系在脉诊命名中的巧合。当然此结论还待进一步的考查和研究。
３、候脏腑之差异
藏医的寸甘恰与中医寸关尺所候的脏腑有较大的差异：二者的左寸都候心脏和小肠，右寸候肺和大肠，但甘和关，恰和尺所候的脏腑都有不同程度的区别。由于脾和胃多在人体的左侧，肝和胆在右侧，故藏医左手甘部候脾与胃，右手甘部候肝与胆。而中医则反之，左关候肝与胆，右关候脾与胃；藏医的左恰候左肾和三木赛，右恰候右肾和膀胱。而中医左尺候肾和三焦，右尺候肾和命门。中医对肾脏无左右之分，但命门可包括二肾，藏医则无命门之脏腑。中医认为，肾与膀胱相表里，故尺脉候肾，亦候膀胱。
中医的六腑之一三焦与藏医的六腑之一三木赛虽在音节上有些相近，但二者的实质完全不同。中医的三焦总领诸气，代谢水液。《类经》说：“三焦者，……确有一腑，盖即脏腑之外，躯壳之内，包罗脏腑，一腔之大腑也”。可见中医中的三焦是五脏六腑中最大的一个。而藏医中的三木赛位于第十三胸椎之下，大者如同核桃，小者似淋巴结，是人体精气之库，精血之源，为六腑中最小的一个。根据三木赛的功能，从现代医学的角度来看，藏医中，男性的三木赛与附睾相近，女性的则与卵巢相近。